В параллельной вселенной, напоминающей современную Японию, существует уникальное общество, в котором способности, недоступные обычным людям, признаны и изучены. Здесь, в Академия-Сити, практически все жители являются студентами, стремящимися получить знания о мире и его тайнах. Среди них выделяется молодой человек по имени Тома Камидзё, обладающий необычным даром. Его правая рука имеет уникальную способность: она может рассеивать магические и экстрасенсорные воздействия, нейтрализуя их силу. Несмотря на этот невероятный талант, Тома остается скептиком, полагая, что все явления можно объяснить с помощью логики и научных принципов.
В один из обычных дней его жизнь меняется, когда он неожиданно находит на своем балконе загадочную девушку в монашеском одеянии. Она представляется как Индекс, и вскоре после этого Тома оказывается в водовороте событий, которые меняют его привычное существование. Индекс, с невинной улыбкой, поглощает все запасы еды в его доме и начинает рассказывать историю, полную удивительных фактов о своей жизни. В её памяти содержится свыше ста тысяч запрещенных магических книг, и она убеждает Тому, что её преследуют мощные чародеи, стремящиеся вернуть её обратно, чтобы никто не узнал секреты, скрытые в её знаниях.
Эта встреча вскоре приводит к множеству приключений, где Тома сталкивается с опасностями, которые бросают вызов его взглядам на мир и открывают двери к новому, полному магии и неожиданных поворотов, существу. С каждым новым событием его жизнь наполняется загадками и чудесами, заставляя его пересмотреть свои убеждения о реальности.