Широ больше не является Мастером в Войне Святого Грааля после потери Сэйбера, но это не избавляет его от тревог за тех, кого он любит. Вернувшись домой, он сталкивается с угрозами Синдзи, который ставит под угрозу жизнь Сакуры и требует от Широ сразиться с Слугой. Когда Рин пытается атаковать, становится ясно, что настоящим Мастером Райдера является Сакура, а не Синдзи, и её силы становятся гораздо более опасными и неконтролируемыми. По мере углубления их отношений, Широ оказывается перед выбором: сдержать ли обещание стать «Героем Справедливости» или отказаться от этого пути ради защиты человека, которого он любит.
Сюжет «Heaven's Feel» отличается мрачной атмосферой и более зрелым содержанием, включая кровавые и сексуальные элементы. История начинается с того места, где закончился первый фильм, без воспоминаний о прошлых событиях и повторного введения в мир Fate/Stay Night. Основным двигателем сюжета становятся отношения Широ и Сакуры. В первом фильме их связь развивалась постепенно, но «Потерянная бабочка» — это момент, когда их чувства переходят от «взаимной тоски» к полноценным отношениям.