На фоне мрачного футуристического Токио, опутанного неоновыми огнями и скрытыми тенями, развивается история, в которой прошлое сталкивается с настоящим. Мотоко Кусанаги, бывшая майор полиции, теперь живет на грани между человечностью и искусственным интеллектом. Будучи киборгом, она годами служила закону, ловя преступников и разоблачая коррупцию. Но время службы подошло к концу. Уставшая от жизни на передовой, она принимает решение, которое станет поворотным моментом в её судьбе — покидает ряды полиции. Оставшись без постоянного места и без цели, Мотоко оказывается в мире, где правила больше не действуют, а моральные ориентиры размыты. Экономическая нестабильность захватывает планету, и мощные синдикаты вступают в борьбу за контроль. Мотоко, с её опытом и навыками, становится идеальным кандидатом для новой миссии.
Бывшая защитница закона теперь наёмница, работающая на организацию, чья цель — радикально изменить мировой порядок. Новая реальность оказывается жестокой: необходимость выживания перевешивает моральные принципы, и она вынуждена участвовать в операциях, направленных на устранение тех, кто препятствует перезагрузке мировой экономики. Между тем, в правительственных кругах начинают осознавать масштаб угрозы, исходящей от этой теневой войны. Премьер-министр решает восстановить специальный отряд, некогда подчинённый Мотоко, и возвращает в строй детектива, чья задача — не только вернуть Мотоко в ряды защитников закона, но и понять, как столь преданная справедливости женщина превратилась в хладнокровного наёмника. Теперь перед детективом стоит сложная задача: вступить в опасную игру, где ставки выше, чем когда-либо, и где будущее не только его страны, но и всего мира зависит от решения одного человека, потерявшего себя в хаосе.