В этом мрачном и загадочном мире, где Земля пережила разрушительный катастрофический удар, человеческая цивилизация едва оправилась от предыдущих бедствий. Вновь настает время испытаний, когда таинственные сущности, известные как Ангелы, начинают атаковать Страну Восходящего Солнца. В ответ на эту угрозу, правительственная корпорация NERV развертывает секретные операции, чтобы защитить единственное оставшееся человеческое убежище – Токио-3. Синдзи Икари, четырнадцатилетний юноша, становится ключевой фигурой в этом конфликте. Принудительно призванный к службе, он сталкивается с жестоким выбором: принять участие в управлении гигантским боевым роботом, созданным для борьбы с Ангелами, или оставить свою судьбу и судьбу человечества на произвол.
Непрекращающаяся угроза и ужасные последствия приводят к тому, что Синдзи вынужден согласиться, несмотря на собственные страхи и сомнения. Его действия обостряются, когда обнаруживается, что его предшественница, Рей Аянами, находится в критическом состоянии. На фоне этих событий, на лунной поверхности просыпается загадочная фигура – Каору Нагиса. Его появление вызывает тревогу среди тех, кто осведомлён о древних пророчествах и догматах. Он видит своё предназначение в том, чтобы выполнить некий договор, высеченный на свитках Мёртвого моря. Глядя на Землю и скрытого в маске великана, Каору выражает нетерпение встретиться с Синдзи Икари. Этот момент предвещает новые испытания, которые будут определять не только судьбу планеты, но и каждого её жителя.