В центре сюжета стоит группа старшеклассников, которые являются шпионами, выполняющими важные миссии по защите Японии от внешних угроз. Главный герой, Нагиса Шиота, продолжает командовать командой, раскрывая все более сложные ситуации и опасности. Его миссия — не только найти источник угрозы, но и защитить страну от разрушительных атак. В этом сезоне он сталкивается с новыми врагами, такими как террористические организации, а также с шпионами, чьи цели пересекаются с интересами Японии.
По мере того как Нагиса и его товарищи продолжают бороться с угрозами, раскрываются важные аспекты их прошлого. В частности, отношения Нагисы с его бывшей учительницей, Коросенсеи, становятся все более значимыми, что добавляет эмоциональной глубины происходящему. Между тем, команда возвращается в школу, пытаясь сочетать нормальную учебу и шпионскую деятельность, но вскоре сталкивается с новой, куда более серьезной угрозой.
Они узнают, что существует могущественная организация, которая готовится нанести удар по правительству Японии, угрожая уничтожить не только столицу, но и несколько крупных городов. Чтобы предотвратить катастрофу, герои объединяются с другими опытными агентами, в поисках способов остановить террористов. В этом процессе они сталкиваются с новыми вызовами и испытаниями, которые ставят под сомнение их собственные силы и способности.
Особое внимание уделяется прошлому Куро Сэнсэя, и вскоре становится ясно, что его связь с враждебной организацией может кардинально изменить ход событий. Новые персонажи и неожиданные повороты сюжета придают истории дополнительную напряженность, заставляя героев и зрителей искать ответы на множество вопросов.